ベネッセコーポレーションの幼児向け通信教育教材「こどもちゃれんじ」の人気キャラクター「しまじろう」の冒険を描いた劇場版第3弾。ある日、苦しそうな大きな木の夢を見たはなちゃん。物知りなガオガオさんに、その木は霧が島にある雲よりも高く伸びる「マザーウッド」だと教わり、兄のしまじろうたちと一緒にマザーウッドを助けるため霧が島に向かう。島についた一行は、マザーウッドの木に住む不思議な人々と出会うが、その矢先、いじわるなクモの兄弟にはなちゃんがさらわれてしまう。初めて映画館で映画を見る小さな子どもたちでも安心して見られるよう、上映時は劇場内の照明を明るくするなど、幼児向けのさまざまな対策が用意されている。